Existen varias opciones para realizar el proceso anterior, escoge cual sea más adecuada en tu caso.

Limpiar una memoria flash USB online desde esta página

No es necesaria la instalación de ningún programa o software en tu sistema solo tienes que acceder al vínculo que se encuentra más abajo.
Al dar clic en el vínculo se te preguntará: "Desea Ejecutar o Guardar este archivo?", escoge Ejecutar y verás que se abrirá una pequeña ventana negra en la que tienes que seleccionar el botón con la letra que tiene asignada tu memoria flash, esto es fácil de saber abriendo el explorador de Windows o Mi PC.
Al oprimir el botón necesario solo espera unos segundos y ya estará limpio el dispositivo, se eliminarán el archivo autorun.inf y también la carpeta runauto, si es que la posee tu dispositivo, otra obra dejada por los virus al infestar un sistema.
Este método solo funciona con el navegador Internet Explorer, lo cual no es ningún problema ya que aunque no lo uses todas las instalaciones de Windows lo incluyen, solo búscalo en la lista de tus programas o accede a él en la siguiente ruta: "C:\Archivo de programa\Internet Explorer\iexplore.exe", ábrelo y entra con el a esta página.

Limpiar memorias flash y eliminar autorun.inf

Que son los archivos autorun.inf y como nos afectan.

Los famosos archivos autorun.inf son pequeños archivos de configuración usados en Windows para indicarle al sistema operativo que acción debe realizar con la unidad de disco donde este archivo se encuentra. Cuando hablamos de unidad de disco esta puede ser una memoria flash, un teléfono celular, un dispositivo mp3, un disco duro portable o un disco duro interno de nuestra PC. Windows le asigna una letra distinta a cada uno de ellos al instalarlos y al encontrar un autorun.inf situado en su raíz ejecuta la acción especificada en este.
Por ejemplo si un autorun.inf situado en tu MP3 contiene la siguiente línea: OPEN ‘../lindo.exe’ Windows automáticamente sin preguntarle nada al dueño de la Laptop o PC donde conectes tu MP3 ejecutará lindo.exe, que no es más que un virus que inmediatamente penetrará e infestará la computadora. Una de las acciones que hará este programa maligno será la de crear en todos los discos duros disponibles un archivo autorun.inf idéntico al que estaba en tu flash para asegurar su propagación e inicio cuando el sistema cargue estas unidades.
Esto quiere decir que si traes a casa en tu memoria flash un virus dentro de ella que penetró al insertarla en una PC en tu escuela o tu trabajo si no tiene el autorun.inf el virus es incapaz por si solo de penetrar en tu sistema, también puedes evitar al acción que trae consigo el autorun temporalmente oprimiendo la tecla Shift al conectar la memoria en la PC y no soltarla durante unos 6 a 8 segundos, no obstante si abres el explorador y das dos clic en el icono de la memoria se realizará la acción predeterminada.
Los archivos autorun.inf tienen los atributos de oculto, solo lectura y de sistema por lo que al examinar tu memoria flash en el explorador no los veras, los antivirus no los detectan al no considerarlos un virus y es lógico ya que son muy usados en aplicaciones que no tienen nada de malignas, por ejemplo el disco instalador de tu sistema operativo o de los drivers de tu PC todos tienen su archivo autorun incluido.

Eliminar los archivos autorun.inf usando un archivo batch o un script.

Otra forma de eliminar los archivos autorun.inf, así como los runauto de los dispositivos USB, pero además si se encuentran estos en las unidades del equipo, es descargando un archivo batch o un script, para realizar la tarea sin tener que estar conectado a internet o se necesita hacerlo en otro equipo diferente.
Para eso descárgalos en los vínculos más abajo, descomprímelos y ejecútalos.

Archivo batch para eliminar los archivos autorun.inf

El siguiente archivo batch al ejecutarlo inicia una secuencia de ordenes en MSDOS, que trae consigo la eliminación de cualquier archivo que termine con la extensión .inf, se ejecuta con los atributos /A:R /A:H /A:S, que le indica a la consola de comandos eliminar el archivo aunque sea de solo lectura, este oculto, y de sistema.
Descarga el archivo batch en el siguiente vínculo, descomprímelo y solo después ejecútalo:
Descargar archivo batch para eliminar los archivos autorun.inf

Script para eliminar los archivos autorun.inf

A continuación el vínculo de descarga de un script hecho en VBScript que hace la misma función y es un método alternativo si te afecta algún virus que pueda desactivar el intérprete de comandos de Windows y que haga que el batch anterior no funcione.
Descarga el script en el siguiente vínculo, descomprímelo y solo después ejecútalo:
Descargar script para eliminar los archivos autorun.inf

Eliminar los archivos autorun.inf manualmente usando la consola de CMD.

La consola de CMD también conocida como Símbolo del sistema o intérprete de comandos, es una de las más poderosas herramientas que incluye Windows. Permite realizar casi cualquiera acción en el sistema operativo con todos los privilegios.
Para ejecutarla se introducen comandos específicos.
Aunque se piense que para usarla se requieren conocimientos avanzados, no es así, solo sigue las siguientes instrucciones.

Paginas relacionadas

Para conocer más usos prácticos de la consola de CMD y los comandos en Windows, lee la siguiente página:
◄ Tutorial y guías para usar la consola de CMD en Windows

Para conocer cómo crear los archivos batch y descargar gratis varios de ellos para facilitar la realización de tareas en Windows, accede a la siguiente página:
◄ Comandos, archivos batch y scripts para Windows